Desktop Tower Defense wird auf einer Karte gespielt, die einem Büroschreibtisch ähnelt. Der Spieler muss eine festgelegte Anzahl von Gegnern aufhalten, die in diesem Genre als „Creeps“ bekannt sind, bevor sie einen bestimmten Punkt auf dem Spielfeld erreichen. Dies geschieht durch den Bau und die Verbesserung von Türmen, die auf die gegnerischen Creeps schießen, sie beschädigen und töten, bevor diese ihr Ziel erreichen können. Im Gegensatz zu vielen anderen Tower-Defense-Spielen ist der Weg der Creeps selbst nicht vorgegeben; stattdessen bestimmen die gebauten Türme den Weg der Creeps, die den kürzesten Weg zum Ausgang nehmen, den sie finden können. Das Spiel erlaubt es dem Spieler nicht, einen Ausgang komplett unzugänglich zu machen, aber wichtige Strategien drehen sich darum, die Creeps in lange, verwinkelte Korridore zu leiten.