Funny Balloons erzählt die Geschichte eines Jungen, der sich in den Wald wagt und von bösen Mächten entführt wird, die ihn in einer mystischen Welt gefangen halten. Um zu entkommen und nach Hause zurückzukehren, muss er ein seltsames Spiel spielen, bei dem er Ballons in verschiedene Bereiche lenken muss. Jeder dieser Bereiche hat eine Farbe und eine bestimmte Punktezahl. Wenn der Ballon in den Bereich der gleichen Farbe gelenkt wird, werden die Punkte zur Gesamtpunktzahl addiert, andernfalls subtrahiert. Ziel des Spiels ist es, einen Wert für die Gesamtpunktzahl zu erreichen, der der Zielpunktzahl entspricht. Das Spiel ist verloren, wenn der Spieler einen Wert erzielt, der höher ist als die Zielpunktzahl, oder einen Bereich überläuft. Ein Zwischenlevel-Minispiel ermöglicht es dem Spieler, ein Automatenspiel zu spielen, bei dem er Punkte oder Fähigkeiten, die im Hauptspiel verwendet werden, gewinnen (oder verlieren) kann. Das Spiel bietet 12 Levels mit steigendem Schwierigkeitsgrad.